“一人も死者を出さないこと”をミッションとして、東京都知事の号令で新設された救命救急のプロフェッショナルチーム「MER」。最新の医療機器とオペ室を搭載した大型車輌（ERカー）で、危険極まりない重大事故・災害・事件の現場に駆けつけ、負傷者にいち早く救命処置を施す彼らの活躍と、彼らを“潰そう”と暗躍する人々を描いていく本作。
都知事の赤塚から任命されTOKYO MERのチーフドクターとなった喜多見幸太を鈴木さんが演じるほか、TOKYO MERを潰すために送り込まれた“スパイ”の音羽尚に賀来さん。救命救急の知識と経験が豊富な看護師でシングルマザーでもある蔵前夏梅に菜々緒。TOKYO MERを兼務する研修医の弦巻比奈に中条あやみ。看護師のホアン・ラン・ミンにはフォンチー。麻酔科医の冬木治朗に小手伸也。臨床工学技師、救命士の徳丸元一に佐野さん。東京消防庁ハイパーレスキュー隊の千住幹生に要さん。喜多見の元妻で医師の高輪千晶に仲里依紗。TOKYO MERを発案した都知事の赤塚梓に石田ゆり子といったキャスト。
※以下ネタバレを含む表現があります。ご注意ください。
今回はトンネル崩落事故が発生、東京海浜病院に移植手術のための心臓を運搬中の車両が巻き込まれ、心臓と医師の小山（高橋ユウ）が巻き込まれる。しかしその頃東京海浜病院では千晶がすでに心臓移植手術を始めていた。喜多見は千住たちと力を合わせ、崩落現場に閉じ込められている小山と心臓、“2つの命”の救出に向かう…というのが今回のストーリー。
これまでは救助方針を巡って喜多見と激しく対立することもあった千住だが、今回は2次被害を危惧して救出を制止する危機管理対策室室長の駒場（橋本さとし）に「助けを待ってる人がいるなら行きます」と強く宣言、喜多見と共に崩落現場に突入する千住に「千住さんが喜多見化した？」「千住さんは根っこからレスキューの人なんやな」「今日こそ、喜多見先生と千住隊長が力を合わせる時」「千住隊長と喜多見先生かわ並び立つのエモい」などの声が殺到。
危険な状況のなか小山は発見され、心臓も移植可能だと判断される。そこにバイクで現れた徳丸は心臓が入ったクーラーボックスを抱えた比奈を乗せ、病院に急行する…その際、比奈に対し徳丸が放った「飛ばすけど、心臓落とさないで下さいよ」というセリフに「視聴者の心臓は落とされたけど」「私なら無理まず自分の心臓落ちる」「徳丸くんめちゃくちゃかっこいいじゃん！！！がんばれ！」「ちょっと佐野くん格好よすぎる」などの反応も続出する。
その後小山の手術も、移植も成功。喜多見のもとを訪れた千晶は、疲れて眠りこける彼にグータッチで感謝を伝えるのだが、実は2人きりだと思っていた室内には音羽もいて、千晶やMERメンバーがいなくなったあと、ロフトの上から喜多見に向けて“エアグータッチ”する…というラストだった。
このラストにも「音羽先生もグータッチ！エアーグータッチ！！！！やりたかったのね」「えっ、やだ、音羽先生ったらエアグータッチしてる」「今の音羽先生、かわいい」「4話目にして最後デレたぞ加賀先生！！！！！！」などの声が次々と寄せられている。
